import openslide

(1)、opensilde.OpenSlide(filename)——讀取圖像

?slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')?

slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')

(2)、close()——封閉圖像

slide.close()?

slide.close()

level_count——幻燈片中的級(jí)別數(shù).級(jí)別從0(最高分辨率)到level_count - 1(最低分辨率)編號(hào).這里沒(méi)理解slide級(jí)別數(shù)是什么意思,代碼返回為10,可能應(yīng)該是slide的層數(shù),好比40倍,20倍,10倍等有多少層

level_count = slide.level_count
print 'level_count = ',level_count

上述代碼獲得 level_count =? 10

(3)、dimensions? ? ? ? (width, height)在0級(jí)別下,也便是最高分辨率的情況下slide的寬和高(元組)

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的(寬,高)(97792,219648)?
print (m,n)?

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的(寬,高)(97792,219648)
print (m,n)

上述代碼得到? (97792, 219648),圖像夠年夜的

(4)、level_dimensions[k]? ? 得到(width, height)元組,k下級(jí)別k,是指在k水平下的下面舉例就知道k的意思,每張全掃描最高級(jí)別是0,也便是最高分辨率,這個(gè)分辨率在不同的全掃描圖片中是不一樣的,有的第0層是40倍,第二層是10倍,而有的第0層是20倍,第二層是10倍,k指對(duì)應(yīng)的層數(shù)

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #級(jí)別k,且k必需是整數(shù),下采樣因子和k有關(guān)?
print (m1,n1)? ? ? # m1 = m/下采樣因子 此時(shí)k為1?

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #級(jí)別k,且k必需是整數(shù),下采樣因子和k有關(guān)
print (m1,n1)      # m1 = m/下采樣因子 此時(shí)k為1

上述代碼得到? ? ? ? (49152, 110080)? ? 如果k為2 得到? (24576, 55296) ? k為3得到? (12288, 27648)
(5)、level_downsamples? ? 每一個(gè)級(jí)別K的對(duì)應(yīng)的下采樣因子,下采樣因子應(yīng)該對(duì)應(yīng)一個(gè)倍率

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]?
print slide_level_downsamples?

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]
print slide_level_downsamples

上述代碼獲得? 3.97569444444?

(6)、get_best_level_for_sownsample(downsample)? 對(duì)給定的下采樣因子返回一個(gè)下采樣級(jí)別,downsamples必需是浮點(diǎn)數(shù)

?slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)?
print slide_downsamples?

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)
print slide_downsamples

上述代碼獲得? 2? ?

(7)、read_region(location, level, size)? 返回一個(gè)RGBA圖像,包括指定區(qū)域的內(nèi)容.location指0級(jí)別下左上角位置的坐標(biāo),元組,level指級(jí)別,整數(shù),size是(width, height)是元組,

tile?=?numpy.array(slide.read_region((0,0),6,?(1528,3432)))?

plt.figure()?

plt.imshow(tile)?

pylab.show()?

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432)))
plt.figure()
plt.imshow(tile)
pylab.show()

上述代碼可以得到左上角坐標(biāo)(0,0),6級(jí)別下,年夜小是(1528,3432)的圖
(8)、get_thumbnail(size)? 返回一個(gè)縮略圖的RGB圖像,size為(width,height)元組

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail((1528,3432))?
tile = numpy.array(slide_thumbnail)?
# scipy.misc.imsave('/home/xhj/PycharmProjects/openslide-experiment/save/thumbnail.jpg', tile)?
plt.imshow(slide_thumbnail)?
plt.imshow(tile)?
pylab.show()?

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