ncRNA的研究以星火燎原之勢席卷科研界,尤其是lncRNA的發現,更是受到廣大學者們的熱捧.盡管lncRNA的研究很火,但其仍然處于初步的探索和基礎研究階段.目前,無論是在國內還是國外都沒有統一的命名規則,這也給各位研究者帶來了很大的懊惱.

當各位老師拿到lncRNA數據的時,心中酸楚不問可知.

一款實用的lncRNA數據庫(NONCODE Database)幫您辦理大部分問題,走起!!!

01

數據庫基本介紹

NONCODE DB是一款綜合性的數據庫,該數據庫是一個比擬全面的ncRNA相關注釋的數據庫,尤其是lncRNA信息,不僅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID(例如：NONHSAG000001)搜索,部分lncRNA支持其他數據庫名字進行搜索.

該數據庫目前收入了16個物種,主要是動物方面的,包含人、小鼠、大鼠、奶牛、雞、果蠅、斑馬魚、線蟲、酵母、擬南芥、黑猩猩、大猩猩、恒河猴、復鼠、鴨嘴獸、猩猩.

數據庫包括信息豐富,包括表達、功能、與疾病關系、染色體位置、序列保守性等,并可進行序列Blast搜索,同時支持數據下載.目前最新更新為2017年4月6日更新的版本.

數據庫鏈接為：http://www.noncode.org

02

數據庫的使用

以下是數據庫的頁面展示

從頁面模塊可以看出,基于這個數據庫我們可以瀏覽所涉及物種的全部lncRNA信息,搜索感興趣的lncRNA,功能查看,比對,下載等.

1)已知某lncRNA 的序列信息,想知道該lncRNA基因組上位置信息,功能如何?

只必要將序列信息粘貼到blast模塊,(參數默認)搜索結果如下：

(圖一是參考文獻及該lncRNA的NONCODE等信息,圖二是具體的比對成果)

選擇得分最高的第一個比對結果,將相似性比擬高的轉錄本ID NONHSAT002796.2在search中搜索可以獲得如下信息：

基本信息如下：

序列信息

表達譜信息：

數據來源等：

2)對于剛剛搜索的比擬感興趣的lncRNA進行功能的注釋如下：

只需將lncRNA 的基因ID 輸入到Function模塊即可.

3)lncRNA的保守性闡發：

在concervation模塊中輸入基因ID即可得到保守性闡發樹,如下所示：

除了以上分析,還可以將整個物種的lncRNA的數據下載下來；若是您在NCBI上找到了一個很感興趣的lncRNA,卻苦于信息有限,此時您也可以在本數據庫中嘗試搜索,好比：NEAT1,您會獲得該lncRNA的炒雞全的信息呢,有木有覺得這個數據庫很牛?其他內容,感興趣的童鞋們可以自行研究下.

還更多有關lncRNA數據庫使用指南,敬請等待下期哦~~~