MySQL是什么東西?

1. 免費的且廣泛使用的開源數據庫軟件

2. 廣泛應用于基于網絡的應用

3. 數據被存儲在數據庫(data.table)中,數據庫中存在著很多的表(table),表包含列(column)和行(row),列也叫做字段(fields),行也叫做記錄(record),列一般都是作為變量名的,例如姓名,性別,id等.

需要的R語言包

library("RMySQL")

## Loading required package: DBI

本文連接的數據庫

一個具體的面向網頁的MySQL數據庫.這里告訴我們 連接它數據庫的方式為：

mysql --user=genome --host=genome-mysql.soe.ucsc.edu -A

開始使用 R語言進行連接

ucscdb <- dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.soe.ucsc.edu")result <- dbGetQuery(ucscdb,"SHOW DATABASES;")

## [1] TRUE

這里,給出一些具體說明：

1. MySQL( )代表的是dbConnect函數連接的數據庫類型,可以是oracle,mysql等

2. user 是用戶名,host 是數據庫的網絡位置,如果是本地的,需要的參數是 password

3. dbGetQuery是數據庫查詢命令,"SHOW DATABASES;"是數據庫查詢命令,遵循的是Mysql語法和R 語言沒有關系.

4. 查詢結束之后注意斷開連接,會返回一個 TRUE 值

5. result 里包含了這個host下所有的數據庫 database

下面我們進入某一個數據庫

hg19 <- dbConnect(MySQL(),user="genome",host="genome-mysql.soe.ucsc.edu",db="hg19")all_tables <- dbListTables(hg19)

## [1] 11048

運行結束之后,我們知道hg19這個數據庫里有11048張表.

獲取表的信息

我想知道某一個表有多少列?

dbListFields(hg19,"acemblyPep")

## [1] "name" "seq"

然后,我又想把知道這個表有多少行?

dbGetQuery(hg19,"select count(*) from acemblyPep")

## count(*)

我想能不能看看這個表具體長啥樣?

table <- dbReadTable(hg19,"acemblyPep")

## name

記得查詢完之后

dbDisconnect(hg19)

## [1] TRUE